Restaureringen af Klostermølle foregik i etaper.
Første etape var i 2000, hvor bygningen blev restaureret i overensstemmelse med den oprindelige mølle. Den gamle mølle var i stærkt forfald, og det var en gennemgribende restaurering, der blev foretaget ledet af professionelle håndværkere. Foreningen Klostermølles Venner og lokale ildsjæle udførte i forbindelse med bygningsrestaureringen et stort arbejde. Med baggrund i fagkundskab, god vejledning og stort engagement blev arbejdet gennemført til alles tilfredshed. Foreningen Klostermølles Venner deltager også i dag i vedligehold og drift af møllen. Det er en åben forening, hvor alle med interesse i Klostermølle kan blive medlem.

Anden etape var genetablering af mølledammen, så der atter kunne ledes vand til møllen. Mølledammen stod klar igen i 2014 efter næsten 100 år uden mølledam på Klostermølle.

Sidste etape var inventar og møllehjul samt karm, så vandet kan ledes fra mølledammen til vandhjulet. Mølleinventaret lå på lager og blev brugt i den udstrækning, det var anvendeligt

Bygning og etablering af vandhjul og mølleinventar blev udført af møllebygger.
Bygning af karm blev udført af lokalt byggefirma. Alt det der skulle foregå ”ind imellem” varetog frivillige fra Foreningen Klostermølles Venner.